Durch mehrere Maßnahmen wurde das als Lehre aus dem Faschismus geltende Trennungsgebot von Polizei und Geheimdiensten unterlaufen: So sind im Gemeinsamen Terrorabwehrzentrum (GTAZ) in Berlin sämtliche Länder- und Bundessicherheitsbehörden sowie einige ausländische Dienste versammelt und tauschen dort in direktem Kontakt ihre Erkenntnisse aus. Zudem haben 38 Sicherheitsdienste Zugriff auf die sogenannte Antiterrordatei.
Zu nennen ist außerdem der Paragraph 129b StGB, der sich gegen sogenannte terroristische Vereinigungen im Ausland »mit Bezug zu Deutschland« richtet. Mit diesem Paragraphen werden vorrangig Widerstandshandlungen gegen Bundeswehrtruppen in Afghanistan verfolgt, er kann aber auch Unterstützer ausländischer Befreiungsbewegungen und linker Organisationen treffen, die in Deutschland bislang legal aktiv waren. So wird mittlerweile von einigen Sicherheitspolitikern auch gefordert, in der BRD wirkende PKK-Strukturen mit dem Terrorparagraphen zu verfolgen. Die Anschuldigungen beruhen häufig auf dubiosen Geheimdienstquellen und auf Beschuldigungen, die unter Folter in Ländern wie der Türkei oder Pakistan erpreßt wurden.
Die Terrorparagraphen 89a und 91 pönalisieren sogenannte Vorbereitungshandlungen für schwere »staatsgefährdende Straftaten« lange vor der Planung oder Begehung einer solchen Tat. Gemeint ist unter anderem eine Guerillaausbildung in sogenannten Terrorcamps oder das Verfügbarmachen von Bombenbauanleitungen.